taxon lfc_(Intercept) lfc_LTA_TimeLTA2 21 days se_(Intercept) se_LTA_TimeLTA2 21 days W_(Intercept) W_LTA_TimeLTA2 21 days p_(Intercept) p_LTA_TimeLTA2 21 days q_(Intercept) q_LTA_TimeLTA2 21 days diff_(Intercept) diff_LTA_TimeLTA2 21 days passed_ss_(Intercept) passed_ss_LTA_TimeLTA2 21 days Haemophilus 2.08692633449895 -3.90543683312362 0.907057274011848 1.3139665169129 2.3007657777426 -2.97224988829948 0.0441966781879988 0.013991881429454 1 1 FALSE FALSE FALSE FALSE Fretibacterium -0.700191319397664 1.70048212336317 0.637248981134209 0.908139111114021 -1.09877197159488 1.87249079194176 0.303831990339996 0.0980309511742954 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Kingella 1.66514471385155 -4.89210764775545 0.35147450209017 0.57932838494075 4.7375974756324 -8.4444466643142 0.00146848946140307 2.9529588868272e-05 0.121884625296455 0.00271672217588103 FALSE TRUE FALSE TRUE Peptostreptococcus -1.0524247854699 1.41426164830107 0.0688159568570923 0.593160732930483 -15.2933248847419 2.38428063387469 2.16821505333073e-05 0.0628309682789373 0.00199475784906427 1 TRUE FALSE FALSE FALSE Actinomyces 0.391025147976769 -0.863565980686014 0.426739542439859 0.670569478257732 0.91630868267118 -1.28780985220163 0.377552054942087 0.22209314502426 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Saccharibacteria_(TM7)_[G-4] -0.635499878556737 0.248103622403881 0.0516974631754299 0.509661204176478 -12.2926704623829 0.486801075637633 0.0516747766990103 0.711590346329231 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Gemella 0.140950513786741 -0.321563637172149 0.692414001980643 0.949665134197337 0.203563927626468 -0.338607394957104 0.84241116342356 0.741280672075717 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Oribacterium 0.345462427042121 -0.712397818555481 0.186282510387139 0.593120406182328 1.85450811417652 -1.20110151518963 0.122834794708841 0.283499910323556 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Lachnospiraceae_[G-3] -0.328100678039538 1.10912177792188 0.428600990272032 0.652382634292875 -0.7655154455693 1.70010929111268 0.478522848891959 0.149855671559628 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Prevotella -0.689512425656879 1.6576883577925 0.677786687357036 1.0251381908546 -1.0173000422088 1.61703892468447 0.329083308079984 0.131837790657653 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Lachnospiraceae_[G-8] 0.817929621757709 -1.09386938667056 0.173931251430353 1.0152779317994 4.70260298268039 -1.07740880837611 0.00532470130270205 0.330511072638054 0.383378493794548 1 FALSE FALSE FALSE TRUE Desulfobulbus -0.701916606694204 1.32977231966631 0.533570098135269 0.844180581547934 -1.31550963809118 1.57522258712462 0.245429066063809 0.176023675774749 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Stomatobaculum -0.0496546466905556 0.0507085695868896 0.184239403187704 0.770878143716093 -0.269511547646338 0.0657802663108906 0.794357168529248 0.949166909425982 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Dialister -0.896553820059095 1.11354405362437 0.453606415137408 0.640418412109547 -1.9765016325607 1.73877582619204 0.0954858097928333 0.13273484911085 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Bergeyella 0.673147907113369 -1.16646871787261 0.746895682244389 0.973013376524866 0.901260943282721 -1.19882084462053 0.386757245437608 0.25578621340204 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Saccharibacteria_(TM7)_[G-6] 0.371263359770229 -0.852894375108048 0.0516974631754299 0.530367564760925 7.18146185452825 -1.60811940958816 0.0188435208600934 0.249070796787705 1 1 FALSE FALSE FALSE TRUE Eikenella 0.483797563401006 -0.915247905735306 0.29979963806657 0.591039253020008 1.61373631576427 -1.54853996762263 0.134879977905648 0.149765677156478 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Lancefieldella -0.452442657703495 0.689265129009676 0.218734820796501 0.525317806080098 -2.06845282363352 1.31209169198537 0.130435213483404 0.280854883127101 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Eggerthia NA NA NA NA NA NA 1 1 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Peptostreptococcaceae_[XI][G-7] -0.336610017725723 0.923123324952495 0.444323230293864 0.654162263175951 -0.75757915583909 1.411153435343 0.482857950185727 0.217285480882149 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Selenomonas -0.598446359471889 1.44520087002752 0.554321582144639 0.779277500839394 -1.07960140602236 1.85453945285323 0.301541353651652 0.0883883798504307 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Peptostreptococcaceae_[XI][G-6] -0.495385163828996 0.91590696440226 0.402875857118935 0.953503854048248 -1.22962236399971 0.960569755972811 0.264864696518413 0.373862941540184 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Ruminococcaceae_[G-1] -0.392658661133817 0.149323523823083 0.314470732200143 0.67867946367915 -1.24863340504423 0.220020689905061 0.267075468394963 0.834556049771523 1 1 FALSE FALSE TRUE FALSE Lautropia 1.70514136778205 -3.08680951716732 0.430279885017451 0.803283331758499 3.96286563038589 -3.8427406559151 0.0041602948923932 0.00492799325222044 0.31202211692949 0.433663406195399 FALSE FALSE FALSE FALSE Veillonellaceae_[G-1] -0.0131701387360715 -0.102273502701675 0.0878608230521794 0.536662921885859 -0.149897739157871 -0.1905730739554 0.885072913617463 0.854269244074124 1 1 FALSE FALSE TRUE FALSE Lachnoanaerobaculum 0.401452533491323 -0.909716242203666 0.324147551863853 0.907485007307992 1.23848701365463 -1.00245870166196 0.243820120627631 0.339761741869141 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Bacteroidales_[G-2] -0.384080724199988 0.231828709595797 0.0608875797749095 0.623591771232008 -6.30803072843206 0.371763580423426 0.00147391179316393 0.725303372269978 0.121884625296455 1 FALSE FALSE FALSE FALSE Slackia 0.710954875511089 -1.13064223207099 0.145413857431954 0.659890161666461 4.88918242089671 -1.71337943456486 0.00274066326103434 0.137476056774973 0.213771734360678 1 FALSE FALSE FALSE FALSE Parvimonas -0.543490152026288 1.46958041026331 0.634084696438195 0.983173344995958 -0.857125483518529 1.49473174567131 0.409660935772762 0.163108112859698 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Bacteroidaceae_[G-1] 0.210729432152684 -0.305686421153217 0.201798488606241 0.701598332490462 1.04425674150548 -0.435700039462925 0.355318296110551 0.685535712305562 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Neisseria 1.09432442611871 -2.0790178423842 0.516156365231614 0.787879952669158 2.12014129793335 -2.63874951423876 0.0575559062087883 0.0230445696666771 1 1 FALSE FALSE TRUE FALSE Catonella -0.784781627700486 1.6968145918008 0.230493421648471 0.827781324204702 -3.40478969893279 2.04983434898224 0.00929442492623256 0.0745273385310854 0.650609744836279 1 FALSE FALSE FALSE FALSE Centipeda NA NA NA NA NA NA 1 1 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Saccharibacteria_(TM7)_[G-1] 0.0460526966509949 0.284067137944788 0.556302252385449 0.994347233845204 0.0827835883344332 0.285682031664414 0.935657257567684 0.780951798085233 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Aggregatibacter 0.131387683300726 -0.558172329473838 0.623419972469837 0.955723512074653 0.210753086366804 -0.584031178915099 0.837312499064935 0.57213741474169 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Johnsonella -1.60073270705592 2.88754038493143 0.499292882814662 0.698411703458831 -3.20599944872459 4.1344387137717 0.0327132744244057 0.0144416583869538 1 1 FALSE FALSE FALSE FALSE Shuttleworthia 0.381571274240604 -0.554916996980974 0.0516974631754299 0.536111673741607 7.38085102833349 -1.03507725005897 0.0857308693067934 0.489028102049295 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Anaerolineae_[G-1] 0.618394140192558 -1.12227193344673 0.0516974631754299 0.595035134825742 11.9617888810927 -1.88605994463737 0.00125678812034318 0.155759385506806 0.105570202108827 1 FALSE FALSE FALSE TRUE Leptotrichia 0.431934597671996 -0.802878146655784 0.309187139818841 1.1682740448723 1.39700052830488 -0.687234429438637 0.189956926809718 0.506165980722417 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Bacteroidetes_[G-5] -0.245256741589355 0.485258476909648 0.160094261681971 0.735269480882967 -1.53195210754374 0.659973641673408 0.200296372250886 0.545336769281865 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Granulicatella 1.88166044480585 -3.78491254953965 0.517092512089999 0.881065368165921 3.63892417857784 -4.29583625267051 0.0038953964217237 0.00126474015493308 0.296050128051001 0.115091354098911 FALSE FALSE FALSE FALSE Porphyromonas -0.50608019766619 1.22967982581422 0.398042715656397 0.834329016826265 -1.27142182926682 1.47385479950326 0.227669524229126 0.166264209231553 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Rothia 1.15828435699532 -2.96663162951446 0.777016669315057 1.18759652499839 1.4906814779358 -2.49801306004873 0.164152650761705 0.0296107595395406 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Megasphaera NA NA NA NA NA NA 1 1 1 1 FALSE FALSE TRUE FALSE Streptococcus 0.602120978194349 -1.35612291786036 0.454055715752072 0.638498768265292 1.32609492030517 -2.12392409392543 0.209495923735029 0.0551484156919711 1 1 FALSE FALSE TRUE FALSE Filifactor -0.0970555667777947 0.234844084633189 0.459034906501661 1.05785632039057 -0.211433957207007 0.221999982517931 0.839547419134743 0.831677267687665 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Saccharibacteria_(TM7)_[G-3] -0.182966891824177 0.0756012356288559 0.482267397692149 0.861073639099951 -0.379388888197192 0.0877988039534913 0.723680371102956 0.934256434813258 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Fusobacterium -0.0273782655974216 0.112708650987098 0.233791677785273 0.526456170797053 -0.117105389964168 0.214089334001836 0.90871369780398 0.834072041933913 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Peptostreptococcaceae_[XI][G-5] -0.233686858536338 0.87571604743651 0.285669954325592 0.807433972039253 -0.818030930442177 1.08456676057957 0.459268536258255 0.339110739913965 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Olsenella 0.115144015664233 0.266783084599113 0.722200168116882 1.00383603964151 0.15943504411591 0.26576360487554 0.877828913385858 0.798078507008747 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Corynebacterium 1.05382204605244 -1.95767018167258 0.192825151003299 0.762051109154267 5.46516904340145 -2.56894866781997 0.000597858423503878 0.0331817850846384 0.0526115412683412 1 FALSE FALSE FALSE FALSE Ruminococcaceae_[G-2] -0.337374708687946 0.156569438405385 0.0516974631754298 0.707155631405699 -6.52594320814351 0.221407327399986 0.00284759331069255 0.835618847972217 0.219264684923326 1 FALSE FALSE FALSE FALSE Solobacterium 0.0525654163174263 -0.231253359429037 0.135072471507592 0.719684028639562 0.389164540566446 -0.321326235162091 0.710591049275078 0.758861748135726 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Abiotrophia 2.28654358869049 -3.62259664865562 0.219901047420411 0.683873985303997 10.3980568328946 -5.29716983903884 4.6342279087162e-05 0.00183478380946936 0.00421714739693174 0.165130542852242 TRUE FALSE FALSE FALSE Tannerella -1.1109071650359 2.58717911258179 0.584095488862716 0.836463180037237 -1.90192731534176 3.09299820282181 0.0863475471922852 0.0113856560012083 1 0.990552072105122 FALSE FALSE TRUE TRUE Saccharibacteria_(TM7)_[G-8] 0.0214866255103831 -0.0828036276131468 0.0516974631754299 0.44087481441507 0.415622434653525 -0.187816642969289 0.749234815865144 0.88180910641733 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Peptostreptococcaceae_[XI][G-3] 0.776267967546561 -1.52353553240072 0.0516974631754299 0.730678095220425 15.0155910922046 -2.08509813331836 0.00440592933884403 0.172399864851145 0.326038771074458 1 FALSE FALSE FALSE TRUE Peptoniphilaceae_[G-1] 0.757383752089254 -1.49835657845765 0.0516974631754299 0.638289087314096 14.6503078791149 -2.34745761479754 0.00462683721424273 0.143432329176989 0.337759116639719 1 FALSE FALSE FALSE TRUE Pseudoleptotrichia 0.316577663873609 0.692256752490088 0.159878090823169 0.451671922216205 1.98011911603169 1.53265394291815 0.297718825660289 0.368032905353206 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Lachnospiraceae_[G-7] NA NA NA NA NA NA 1 1 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Mogibacterium 0.107992477885195 -0.284017427633573 0.321774679377018 0.904323129731576 0.335615214019565 -0.31406630914978 0.746995512877543 0.762623626253478 1 1 FALSE FALSE TRUE FALSE Peptostreptococcaceae_[XI][G-9] -0.519572413569559 0.840368688604353 0.333988144623173 0.921030707184309 -1.55566124706545 0.912422009439241 0.150842528163417 0.383016390354945 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Ottowia -0.734906890661226 1.67999407684126 0.400462185693344 0.695838177293412 -1.8351467801856 2.41434593798216 0.207910764343028 0.137131704065493 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Absconditabacteria_(SR1)_[G-1] -1.17452440212357 1.17161582166764 0.0516974631754299 0.532630609485927 -22.7191883311168 2.19967797719782 0.000186754711049543 0.115206619673478 0.0168079239944589 1 TRUE FALSE FALSE FALSE Peptidiphaga 1.11913565852541 -2.56325102273152 0.720237530603557 0.986654287765638 1.55384246303796 -2.5979221440736 0.171215484662896 0.0407758388033178 1 1 FALSE FALSE TRUE FALSE Cardiobacterium 0.749506717214811 -1.12284090318284 0.557886271104881 0.946847136848629 1.34347582300319 -1.18587347364219 0.208809148662711 0.263084729331273 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Peptostreptococcaceae_[XI][G-2] -0.488845635446371 0.207108380492999 0.0516974631754299 0.545902613318053 -9.45589213512326 0.379387047140465 0.00250696503047135 0.72966264439743 0.198050237407236 1 FALSE FALSE FALSE FALSE Peptoanaerobacter -0.694170078069449 0.664366667769572 0.0631216122300779 0.487038645358969 -10.997343913511 1.36409435698866 0.00161001051474758 0.265861212917207 0.130410851694554 1 FALSE FALSE FALSE TRUE Pseudoramibacter -0.26918561884433 1.1404015884766 0.130246847879913 0.440519845347636 -2.06673422985651 2.58876325441515 0.286891751079201 0.234675452840091 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Erysipelotrichaceae_[G-1] -1.84741782220975 2.92157805555806 0.0516974631754298 0.426555923199774 -35.7351736184953 6.84922631865497 0.0178102863488282 0.0922955701715924 1 1 FALSE FALSE FALSE TRUE Saccharibacteria_(TM7)_[G-5] 0.926640230268847 -1.27845785746161 0.0516974631754298 0.431208868277123 17.9242882213464 -2.96482273792195 1 1 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Schaalia -0.162012506476303 0.145988125991033 0.512759307210997 0.708233831059029 -0.315962098001736 0.206129839593706 0.758527281380508 0.840825608693108 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Mycoplasma -0.342277157262708 0.12042067643742 0.245874488415412 0.709421870822284 -1.39208081110237 0.169744804030134 0.222643643615289 0.87186502160839 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Peptococcus -1.09426807442711 1.87411962135924 0.137290202206551 0.657459402792208 -7.97047463577044 2.85054805422192 0.000207680997083481 0.029160657898484 0.0184836087404298 1 TRUE FALSE FALSE TRUE Colibacter 1.02965941547099 -1.75051904359291 0.0516974631754298 0.431208868277123 19.9170201442371 -4.05956178634969 1 1 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Capnocytophaga 0.770284277900777 -1.53596912048481 0.402541466792732 0.725940876772518 1.91355261866076 -2.11583225250191 0.0820451026489483 0.0579876318674211 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Propionibacteriaceae_[G-1] NA NA NA NA NA NA 1 1 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Bacteroidetes_[G-3] 0.616553197300109 -1.14776601565973 0.0516974631754298 0.868375583265608 11.9261789540408 -1.32173916192283 0.00695739297297735 0.317183141388434 0.493974901081392 1 FALSE FALSE FALSE TRUE Alloprevotella -1.19704867615085 1.85413285899614 0.648800392355191 0.93984055292649 -1.8450184220843 1.97281640297678 0.10225526743226 0.083976986259929 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Campylobacter 0.183725979881267 0.00872057148424364 0.225651420878598 0.540845099884759 0.814202627955587 0.0161239724388772 0.434489018861141 0.987452652330531 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Peptostreptococcaceae_[XI][G-1] 1.52162670054548 -1.95710523897933 0.0516974631754299 0.58987675534158 29.4332953124217 -3.3178205807517 0.00115231457084046 0.080082788857773 0.0979467385214391 1 FALSE FALSE FALSE TRUE Arachnia 0.722093081676887 -1.63605782598629 0.830465408664016 1.05460797820509 0.869504104738727 -1.55134216675547 0.401628988045389 0.146781700960245 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Treponema -0.774415586915519 1.85579573406266 0.698835178466897 0.894832217412851 -1.10815198029159 2.07390357426799 0.289513041048003 0.0602701430241637 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Anaeroglobus 1.88289295455172 -2.5613039475026 0.307697832934463 0.881941358223094 6.11929221793631 -2.90416581966746 0.00169014772465405 0.0336272053374246 0.135211817972324 1 FALSE FALSE FALSE FALSE Desulfovibrio 0.5115100644551 -0.165876869862418 0.0516974631754299 0.760493520161429 9.89429718667906 -0.218117400694232 0.0641243435951512 0.86328341518915 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Sneathia 0.470035881796576 -0.662855361828066 0.427579055433446 0.747438014824028 1.09929585143054 -0.886836565282439 0.386284829900098 0.468729505636966 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Propionivibrio -0.0140104712162515 -0.131985223356371 0.0915710039521391 0.575517893511762 -0.153001175170846 -0.229332962266401 0.885805335423878 0.829859222507678 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Schnuerera -0.443713326423553 1.55962261466354 0.178187024612967 0.519432074180008 -2.49015509062642 3.00255354297405 0.130446375246005 0.0953261265220546 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Enterocloster -0.69779401322599 0.341544824407761 0.0516974631754299 0.467646006074178 -13.4976451524923 0.730349067396044 0.0470792356017436 0.598416786691479 1 1 FALSE FALSE FALSE TRUE Brachymonas -1.39393148141584 1.98370444732211 0.104877462791509 0.449217704053199 -13.2910488518101 4.41590887764119 0.000920476193692633 0.0215540080629626 0.0791609526575665 1 FALSE FALSE FALSE FALSE Veillonella 1.29802131277654 -2.97989036521881 0.2953392047369 0.834680926174848 4.39501864959943 -3.57009519658603 0.00087298594167687 0.00385171855860819 0.0759497769258877 0.342802951716129 FALSE FALSE TRUE TRUE Peptostreptococcaceae_[XI][G-4] -0.360911737031455 0.622737728770025 0.402947741463096 0.81528639943091 -0.895678768966394 0.763826956030067 0.411466394938446 0.479442805922434 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE